在监察方面同样仿效和谐后世历史记载的明朝，设立督察院。有左右御史、左右副都御使、左右佥都御使等官。又设十三道监察御史（一百一十人）。都御使是“纠劾百司，辨明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司”。十三道监察御史的职责是“察纠内外百司之官邪，或露章面劾，或封章奏劾。

在内刷卷，巡视京营，监临乡、会试及武举，巡视光禄，巡视仓场，巡视内库、皇城、五城，轮值登闻鼓。外巡按，清军，提督学校，茶马，巡漕，巡关，攒......