首要是必要加强基地居民的教育，让他们对杨树基地拥有归属感，可以降低对基地不利的事件的发生。采取的办法是领民制度，通过教育考核，顺利度过考察期的领地居民将获得一个新的身份——领民。领民享受基地的庇护，允许生活在内城区，而居民只能生活在外城区。
接下来是确定杨树基地的组织机构，让领民对基地有认同感。
对领民来说，最重要的是拥有选举和罢免民意代表的权力，代表着他们可以参与基地的管理。经过领民们的投票，一些德高望重的人将成为民意代表，加入基地的议会体系中，为领民们争取权益。民意代表分三个级别，最高的是一级，选举比例为100比1，理论上1万人可以出现一个一级民意代表。一级的民意代表属于内阁的成员，对基地内的重大行动和政策有投票权。
内阁是仿照古代的官僚制度建立的，是杨树基地的最高权力机关，负责基地内重大决策。内阁成员包括两位基地长，六部的正职部长，以及一级民意代表。目前情况特殊，基地的人数很少，所以特殊情况特殊处理，暂时定下6个一级民意代表，以后再按照规矩来办。
六部的设立也是仿照古代的官僚体系，分别是吏部、户部、礼部、兵部、刑部和工部。
吏部：负责考核、任免杨树基地的管理人员。原先工程部、物流部和后勤部的管理职务由吏部根据需要确定，并配合户部至制定管理人员的贡献点。
户部：负责管理杨树基地的全体领民的档案，个人贡献点和税收。房屋、库房、耕地和畜牧场都由户部管理，然后以租赁的方式向领民开发，按照一定的比例分配。领民可以通过工作赚取贡献点，用来购买生活物资，多劳多得，通过努力可以获得更好的生活。
礼部：负责庆典和灵魂游戏，提升领民的精神娱乐生活品质。
兵部：负责武装团的管理工作，以及武装团内部的管理人员的任命，管理武装团使用的战斗物资。基地内秩序维护和安保工作，也是兵部的责任，有义务配合刑部抓捕犯错的居民和领民。
刑部：负责制定杨树基地的管理规则，落实各项管理制度，对违反杨树基地管理规则的领民和居民实行处罚。刑部还负责处理领民之间，领民和杨树基地之间的矛盾，根据管理规定进行处置。
工部：主要负责工程建设和马帮的管理。修建各种功能建筑，运送物资，都需要专业的工程队负责，所以工部有培养工程队队员的义务。
民意代表和各级管理人员是基地的骨骼，支撑着基地有序发展，将领民紧紧团结起来。凡事有序可依，降低个人在基地中的权力，使其影响力极大降低。与此同时，管理制度透明化，让领民知道如何提升自己的级别，获得更好的生活品质。
通过许诺利益让领民们互相竞争，无法形成稳定的小团体，同时用教育提升他们对杨树基地的认同感，按照伍元的推测，大概5年左右便可以建立一个十分稳定的基地和领民的关系。
最后一项是恩威并施，震慑住基地内居民，未来的领民。
参加叛乱的武装二团和安保部被抓回来很多，但是实力强悍的都逃走了，还带走了大量的物资。
伍天带着俘虏前往物资存放的地方时，那里的物资已经被转移了大半，所以回收的物资并不多。失去的物资没有办法追回，但是被抓回来的叛逃者和捣乱的居民还在，必须要严加惩治。
趁火打劫和被老贺蛊惑的居民全部被赶到外城区居住，没有办法成为领民，参加劳动获得的贡献点要比内城区的居民低一半，是领民的四分之一。不想要留在杨树基地的可以自行离开，但是不允许携带任何物资，生死全靠自己，基地概不负责。
安保部里面参加叛乱的跟外城区的居民一个待遇，这还是伍天看在跟他们共事一场的情面上。不过老贺和另外一个安保部的高层就不一样了，被打断了右臂，然后赶出基地。
武装二团中只有主动投降或者帮助安保部回收物资的人被允许留在外城区，其他人都被驱逐出基地。主犯李刚已经死掉了，看在他为基地建设立下过汗马功劳，将他的尸体埋在了外城区。汪斌身受重伤，但是不值得同情，死在他手上的安保部的人就超过了两个，所以被当中处死，行刑者是武装二团里面的一个团员。
处理好叛乱事件以后，李毅跟杜威谈了一次。依照他对杜威的了解，知道对方一时半会缓不过来，不过迟早是可以想明白的，索性任由杜威留在屋子里面养伤。李毅让伍元照顾好杜威，然后逐步推进基地改革，尽快将新杨树基地建立起来。只是基地此次损失惨重，蓝天计划被迫中断，他让小黑给留守的许美丽送信，让许美丽将玉林大学外安全据点内的人全部带回来。
李毅和朱自在带领着基地内剩余的牛马去接应许美丽等人，在快要到湘江大桥的时候与许美丽等人相遇。李毅让朱自在和许美丽带队返回杨树基地，自己则是骑着小白，带着小黑前往玉林大学。已经建立好的安全据点不能浪费。他打算在那里落脚，试着跟玉林大学里面的人取得联系，询问下关于3号的情报。
李毅可以不需要杨树基地为他提供补给品，一个人完全可以做到自给自足，同时战斗力足够应付3号和地心兽。没有队员帮助，他很多事情没有办法做到，只能走一步算一步了。全面监控玉林大学是没有办法做到的，不过倒是可以偷偷潜入学校内，寻找苗教授的下落。如果苗教授安然无恙的话，他可以跟苗教授做一份交易，以救人为条件，获取一些有用的情报。
至于杨树基地，一切交给伍元就好了。
李毅一直不愿意承认，但是管理基地这方面，杜威的确是不如伍元的。
