太祖朱元璋定都南京，划定范围庞大的京师直隶，北面将徐州囊括在内。明成祖朱棣迁都北京，徐州府属南直隶管辖范围。徐州府范围只包括丰县、沛县、砀山、萧县诸县。明初，徐州设有京杭大运河码头，江南调往京师的漕船络绎不绝，徐州是必经之路。

黄河过徐州，再经云梯关东流入海，徐州算是中流分水的要断，因此也有水师驻扎。

　　万历三十二年，公元1604年，朝廷在原大运河东开凿新河道，大运河改道邳州，徐州城失去运河......